A Pastoral dos Migrantes oferece apoio para as famílias e comunidades migrantes através de visitas missionárias, formação bíblica, humana e prestação de serviços de orientação legal (como documentação e questões trabalhistas), com o objetivo de integrar socialmente essas pessoas. A pastoral funciona em dois municípios - Fortaleza e Horizonte - e atua através de atividades que contam com a participação de agentes, na maioria jovens, responsáveis pelo acompanhamento dos grupos.